Lobi-lobi terus dia usahakan sampai akhirnya pada masa pemerintahan Presiden Megawati Soekarnoputri, pemberlakuan otonomi khusus adalah pilihan politik yang layak untuk Papua dan tak ada yang lain. Saat itu sekitar tahun 2001, ketegangan kembali terjadi di tanah Papua. Operasi militer menyebabkan ketua Presidium Dewan Papua meninggal. Wenda terus berusaha memperjuangkan kemerdekaan Papua.
Pertentangan Wenda berbuntut serius. Dia kemudian dipenjarakan pada 6 Juni 2002 di Jayapura. Selama di tahanan, Wenda mengaku mendapatkan penyiksaan serius. Dia dituduh berbagai macam kasus, Salah satunya disebut melakukan pengerahan massa untuk membakar kantor polisi, hingga harus dihukum 25 tahun penjara.
Kasus itu kemudian di sidang pada 24 September 2002. Wenda dan tim pembelanya menilai persidangan ini cacat hukum.

Pengadilan terus berjalan, sampai pada akhirnya Wenda dikabarkan berhasil kabur dari tahanan pada 27 Oktober 2002. Dibantu aktivis kemerdekaan Papua Barat, Benny diselundupkan melintasi perbatasan ke Papua Nugini dan kemudian dibantu oleh sekelompok LSM Eropa untuk melakukan perjalanan ke Inggris di mana ia diberikan suaka politik. Dan sejak tahun 2003, Benny dan istrinya Maria serta anak-anaknya memilih menetap di Inggris.
Baca Juga:Daftar Hari Besar Desember 2020, Cek Persiapan Liburan
Pada tahun 2011, Pemerintah Indonesia pernah mengeluarkan Red Notice dan Surat Perintah Penangkapan Internasional untuk penangkapan Wenda karena melakukan sejumlah pembunuhan dan penembakan di Tanah Air. Wenda mengklaim, red notice itu sudah dicabut.
Umumkan Merdeka
Gerakan Persatuan Pembebasan Papua Barat atau The United Liberation Movement for West Papua (ULMWP) membentuk pemerintah sementara.
Pembentukan pemerintahan sementara yang lepas dari Indonesia itu, diumumkan tepat pada perayaan hari lahirnya embrio negara Papua Barat, Selasa 1 Desember 2020.
ULMWP adalah koalisi dari berbagai faksi politik yang berjuang untuk kemerdekaan selama bertahun-tahun.
Baca Juga:Komunike TPNPB/OPM 1 Desember, Polri dan TNI Siapkan Patroli Skala Besar
Menurut keterangan tertulis yang diterima ABC Indonesia dari ULMWP, pembentukan pemerintah sementara dalam penantian ini bertujuan untuk memobilisasi rakyat West Papua yang mencakup Provinsi Papua dan Papua Barat, untuk mewujudkan referendum menuju kemerdekaan.